本所置所長、副所長、秘書各1人，並分設戒護、作業、輔導、衛生及總務五科，各科置科長1人；另置人事室主任、政風室主任、會計室主任、統計室主任各1人，分別掌理各該主管業務，在各單位主管人員之下，本所現行編制計有醫師、護理師、藥師、醫事檢驗師、專員、導師、科員、作業導師、人事科員、會計科員、統計科員、主任管理員、管理員、辦事員、書記、司機、工友。

各科室業務職掌簡述

★戒護科主管戒備、被告之戒護、名籍、保管、管理員之訓練及勤務分配、戒具雜項用品管理、接見事宜、其他有關戒護安全事項。

★輔導科主管被告入所調查、生活輔導、品性行為考核、文康及體能活動、新聞書刊閱讀、管理及所內刊物編印、其他有關輔導事項。

★衞生科主管衛生計畫及其設施與指導事項、傳染病預防、被告健康檢查、疾病醫治、病舍管理、藥品調劑、儲備及醫療器械管理、藥物濫用之防治與輔導、被告疾病或死亡陳報、其他有關衛生事項。

★作業科主管作業之指導及技能訓練、作業計畫訂定、材料之購置、收支及保管、作業課程編訂、成績考核、勞作金計算、作業之配置及調動事項、作業契約之擬定、作業器械之增置、收發、保管、檢查及修理事項、成品之評價、發售及保管事項、其他有關作業事項。

★總務科主管庶務、糧食、文件收發歸檔、不屬於其他各科事項。

★人事室主管辦理本所組織編制、人員之晉用、考核、考績（成）、獎懲、俸級、差假、文康活動、保險、福利、生活津貼、訓練、進修、退休、資遣、撫卹及退休人員照護等人事事項。

★政風室主管政風法令之擬訂、政風法令之宣導、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉、政風興革建議、政風考核獎懲建議、公務機密維護、其他有關政風事項。

★會計室主管本所概算、預算、決算之編製、會計憑證、會計簿籍、會計報告之編製、其他有關會計事務及內部審核之處理事項。

★統計室主管統計、資訊相關業務